潜伏期1～3天，可短至6h，长至4天。根据临床表现可分为：

1.典型流感

急起高热，畏寒或寒战，头痛、身痛、乏力、食欲减退等全身中毒症状明显而呼吸道症状轻微。少数患者可有鼻塞、流涕及畏光、流泪等眼部症状。咳嗽、胸骨后不适或烧灼、咽干、咽痛也较常见。体温可达40℃，面部潮红，咽部及结膜外眦部轻度充血。肺部可有干啰音。发热多于1～2天内达高峰，3～4天内热退，退热后呼吸道症状较明显并持续3～4天后消失，但乏力可持续1～2周。此型最常见。轻型患者发热不超过39℃，症状较轻，病程2～3天。

2.流感病毒性肺炎

流感病毒感染可以由单纯型转为肺炎型，或直接表现为肺炎型，肺炎型系因流感病毒感染自上呼吸道继续向下呼吸道蔓延引起，原发性流感病毒性肺炎容易发生于有潜在肺部及心脏疾病患者（特别是风湿性心脏病，左房室瓣膜狭窄患者）、孕妇或处于免疫缺陷状态的人群，但也有多达一半的病例报道尚未确认有潜在疾病。典型的肺炎型流感发病后，高热持续不退，迅速出现呼吸困难、发绀、剧咳、泡沫黏液痰或痰中带血症状；查体发现双肺呼吸音低，满布哮鸣音，但无实变体征。胸透肺部双侧呈散在絮状阴影，由肺门向四周扩散；其表现与成人呼吸窘迫综合征（ARDS）一致，患者可因心力衰竭或外周循环衰竭而死亡。病程可长达3～4周。血气分析显示明显的低血氧。痰液中易分离到流感病毒，痰涂片革兰染色可见到许多嗜中性多核粒细胞；但痰与血培养均无致病菌生长，抗菌治疗亦无效，病死率可超过50%。婴幼儿及老年人患流感常波及下呼吸道，尤以导致肺炎时病情严重，在因下呼吸道感染住院的小儿病例中约1/4为流感病毒引起。老年人流感肺炎和支气管炎的发生率随年龄增长而有增加，60～69岁组发生率为36%，70岁以上组高达73%。老年人流感肺炎往往缺乏初期症状，易被忽略，发现肺炎时常已伴明显脱水、酸中毒或意识障碍等危重情况。

3.中毒型和胃肠型

中毒型极为少见。病毒侵入神经系统和心血管系统引起中毒性症状，临床上有脑炎或脑膜炎症状，主要表现为高热、昏迷，成人常有谵妄，儿童可出现抽搐，并出现脑膜刺激征，脑脊液细胞数可轻度增加。个别病例可由于血管神经系统紊乱或肾上腺出血导致血压下降或休克。胃肠型流感在儿童中常见，以恶心、呕吐、腹泻、腹痛为主要症状，一般2～3天即可恢复。