大黄一般被认为毒性较低，临床应用比较安全。但服用过量可引起中毒，尤其是后下大黄毒性较大，可起恶心、呕吐、头昏、腹绞痛、黄疸等。曾有报道，30名受试者每日服大黄3次，每次3g，共5日，所有受试者均产生一系列胃肠反应，主要表现为腹泻、腹痛、呕吐、恶心、肠鸣，其中3例因严重腹泻、腹痛、呕吐而被迫卧床休息，经对症处理后缓解。

另外，服用大黄后，其色素会从小便或汗腺中排泄，故小便、汗液可以出现黄色。此外，哺乳妇女服用后，婴儿吮食乳汁，可能引起腹泻，因此授乳妇女不宜服用。由于本品又能活血行瘀，故妇女胎前产后及月经期间也必须慎用。